1632 verwüsteten Schweden Peiting, zerstörten auch die Reste der Welfenburg und hinterließen Not und Elend. Als Folge dieser Gräuel und der Armut brach unter der Bevölkerung das „hitzige Fieber“ (vermutlich Flecktyphus) aus, an dem in Peiting im Jahre 1632 etwa 400 Menschen starben.
1646 und 1648 kamen die Schweden und Franzosen nochmals nach Peiting. Die Bevölkerung floh in die Berge und es herrschte eine unbeschreibliche Not. Im Erbfolgekrieg fielen die Österreicher am 8. Mai 1693 über unser Dorf her, brandschatzten und plünderten es. 1741 brach der Österreichische Erbfolgekrieg aus und brachte erneut unsägliche Not in unser Land. Am 21. Oktober 1763 brannte die „Obere Gasse“ mit 23 Wohnungen ab. Kurz darauf, am 2. Oktober 1802 brannten in Peiting 99 Häuser und 15 Getreidekästen ab, ja sogar der Kirchturmdachstuhl wurde ein Raub der Flammen. Aufgrund der Säkularisation im Jahre 1803 erlebte die gewerbliche Wirtschaft Peitings einen Niedergang. 1815/16 wurde das Land vermessen und die Kataster angelegt. Erst seit 1848 konnten Bauern freie Eigentümer sein.